動かなくなってしまったロイド（木村拓哉）を自宅に匿っていた麻陽（柴咲コウ）は、暗殺者のケプラ（伊達暁）とメンデル（谷田歩）に操られた公安部の差し金でSIT（特殊犯捜査係）に自宅を強行突入されそうになったが、間一髪のところで意識を取り戻したロイドに救われた。麻陽はロイドが内蔵システムを回復し、意識を取り戻したことに喜ぶが、その喜びも束の間、ロイドは麻陽と過ごしたこれまでの記憶を全て失い、自分がロイドという名で呼ばれていたことも忘れてしまっていた。出会った当初のように麻陽を護る任務だけを遂行しようとするロイド。それでも麻陽は、今までの記憶がロイドの内部のどこかに眠っているだけだと信じ、刑事の葦母（遠藤憲一）や麻陽の部下の星（桐谷健太）と共に、ロイドの記憶が戻る方法を探す。早速、葦母と星は麻陽のマンションにある黎士（木村拓哉／二役）のパソコンにロイドの記憶を戻す手がかりがあるのではと調べ始める。一方、麻陽は何か手助けをしてもらえないか相談しようと七瀬（大島優子）の元を訪れる。沫嶋研究室を訪れた麻陽はいつもと変わらぬ様子で七瀬に迎えられたのだが、二人で昔の黎士のスナップ写真を見ているうちに突然、七瀬の態度が豹変し…。
