記憶喪失の少年・ヒロに駆け寄るヒノアラシとエイパム。2匹は自分の手持ちらしいが、覚えていないヒロは戸惑うばかり......。寂しげなポケモンたちを気にしながら、手作りのバッジを握りしめて自室に入ると、窓の外にはヤミカラスが。何も思い出せないヒロが慌てて追い払い部屋を見渡すと、ヒノアラシたちとヒロが映った大量の写真。「君たちのこと、早く思い出したいんだけど......。」その夜、急な胸騒ぎを覚えて森に入ったヒロたちは、傷だらけのヤミカラスと秘密基地を見つける。ヤミカラスの首にはヒロと同じ手作りのバッジがぶら下がっていて......。
