京極（唐沢寿明）と亮太（窪田正孝）は、武装集団の制圧のため、とある廃ビルに乗り込もうとしていた。そこにはなぜか、神野（小日向文世）も同行。刑事ドラマのような派手な銃撃戦が見たくてたまらない神野は、早く武装集団のいる場所へ突入するよう、京極たちを焚き付ける。 京極と亮太は神野にあきれつつ、二人で武装集団のもとへ。京極と亮太が武装集団と対峙していると、ふらふらと神野が現れる。武装集団は、神野を狙って銃撃。その時、神野をかばった亮太が撃たれてしまう。亮太は撃たれた衝撃で階段から転げ落ち、頭を強打。そして、意識不明に陥る。 亮太は病院に運ばれるも、何日も意識不明のままだった。結衣（佐々木希）をはじめ、みんなが眠り続ける亮太を見守るしかない。そこに京極が現れ、亮太の目を覚まさせる“特効薬”を持ってきたと言い出す。それは、「卒業」を歌う斉藤由貴のDVDだった。京極は、自分を30年の眠りから覚ましてくれた斉藤由貴の歌なら、亮太も目覚めさせるに違いないと考え、彼女に直訴して亮太のためだけに歌ってもらったという。誰もがありえないと思いながらも斉藤由貴のDVDを流すと、奇跡が起こる。亮太が覚醒したのだ。しかし、京極たちが喜んだのも束の間、亮太は、すべての記憶を失っていた。 自分が何者なのかも、京極たちのこともまったく分からない状態の亮太。京極は、亮太の記憶を取り戻そうと決意する。亮太の前でこれまでの事件で遭遇した出来事を再現しようと、ふなっしーと再会したり、ビル飛び越えジャンプを試みたりと、あの手この手で亮太の記憶を呼び起こそうとするが、うまくいかない。 京極と亮太が銃撃戦を繰り広げた武装集団は、「プロメテウス」という闇の武器ブローカーだった。松浦（藤木直人）はプロメテウス逮捕のために記憶を失った亮太を利用しようと考え、亮太に捜査を続行させると言い出す。大反対する京極に対し、亮太は捜査に加わりたいと希望。亮太は松浦と組むことになり、京極と亮太の最強バディは解散の危機に…！
